В організмі хлор знаходиться у вигляді солей (хлоридів) калію, натрію, кальцію, магнію. Хлор відіграє важливу роль у підтримці кислотно-лужного балансу між плазмою крові і еритроцитами; він регулює осмотичну рівновагу між кров'ю та тканинами, не даючи руйнуватися стінкам клітин; бере участь у регулюванні балансу води в організмі, і в утворенні шлункового соку. Зміни вмісту хлору (хлоридів) відбуваються одночасно з натрієм – основним позитивно зарядженим іоном (катіоном) позаклітинної рідини: при збільшенні вмісту натрію збільшується й концентрація хлору, та навпаки.
Хлориди з організму виводяться переважно із сечею (90%), а також з потом і калом. Обмін хлору регулюють гормони надниркової та щитоподібної залоз.
Порушення обміну хлору веде до розвитку набряків і недостатньому виділенню шлункового соку. Різке зменшення кількості хлору в організмі може призвести до важкого стану, аж до коми зі смертельним результатом.