В организме он находится в виде солей (хлоридов) натрия, калия, кальция, магния. Хлор играет важную роль в поддержании кислотно-щелочного баланса между плазмой крови и эритроцитами; он регулирует осмотическое равновесия между кровью и тканями, не давая разрушаться стенкам клеток; участвует в регулировании баланса воды в организме, и в образовании желудочного сока. Изменения содержания хлора (хлоридов) происходит одновременно с натрием – основным положительно заряженным ионом (катионом) внеклеточной жидкости: при увеличении содержания натрия увеличивается и концентрация хлора, и наоборот.
Хлориды из организма выводятся в основном с мочой (90%), а также с потом и калом. Обмен хлора регулируют гормоны надпочечников и щитовидной железы.
Нарушение обмена хлора ведёт к развитию отёков и недостаточному выделению желудочного сока. Резкое уменьшение содержания хлора в организме может привести к тяжёлому состоянию, вплоть до комы со смертельным исходом.