Мокротиння зазвичай не має запаху. Появі запаху сприяє порушення відтоку мокротиння, тобто воно занадто довго знаходиться в дихальних шляхах. Якщо ж свіже мокротиння має смердючий або гнильний запах, то це свідчить про розпад тканини, що може бути при гангрені легені або раку, що розпадається.
Запах може бути наслідком розкладання білків мокротиння при затримці її в порожнинах (абсцес, бронхоектази, іноді при туберкульозі). Для ехінококкової кісти, яка розкрилась в легенях, характерний своєрідний фруктовий запах мокротиння.