Мокрота обычно не имеет запаха. Появлению запаха способствует нарушение оттока мокроты, то есть она слишком долго находится в дыхательных путях. Если у свежевыделенной мокроты имеется зловонный или гнилостный запах, то это свидетельствует о распаде ткани, что может происходить при гангрене легкого или распадающемся раке.
Причиной запаха может быть разложения белков мокроты при задержке ее в полостях (абсцесс, бронхоэктазы, иногда при туберкулезе). Для вскрывшейся эхинококковой кисты (в лёгких) характерен своеобразный фруктовый запах мокроты.