Чаще всего мокрота бесцветная, наличие гноя придаёт ей зеленоватый оттенок, который наблюдают при абсцессе лёгкого, гангрене лёгкого, бронхоэктатической болезни, актиномикозе лёгкого.
При появлении в мокроте примеси свежей крови она окрашивается в различные оттенки красного цвета (мокрота при кровохаркании у больных туберкулёзом, актиномикозом, раком лёгкого, абсцессом лёгкого, при инфаркте лёгкого, сердечной астме и отёке лёгких).
Мокрота ржавого цвета (при крупозной, очаговой и гриппозной пневмонии, при туберкулёзе лёгких с творожистым распадом, застое в лёгких, отёке лёгких) или мокрота коричневого цвета (при инфаркте лёгкого, абсцессе, бронхоэктазе легкого, прорыве эмпиемы плевры через бронхи) указывает на содержание в ней не свежей крови, а продуктов её распада.
Грязно-зелёный или жёлто-зелёный цвет может иметь мокрота, отделяющаяся при различных патологических процессах в лёгких, сочетающихся с наличием у больных желтухи или вскрытия (прорыва) абсцесса печени в легкое.
Жёлто-канареечный цвет мокроты иногда наблюдают при эозинофильных пневмониях.
Отхождение мокроты цвета охры возможно при сидерозе лёгкого.
Черноватая или сероватая мокрота бывает при примеси угольной пыли и у курильщиков.
Цвет мокроты может быть обусловлен примесями вина, кофе, лекарственных средств и других веществ. Например, рифампицин окрашивает мокроту в красный цвет.